Cilj potprograma „ Sufinanciranje provedbe projekata financiranih iz fondova Europske unije“ je pomoći korisnicima u sufinanciranju provedbe projekata za koja su im dodijeljena EU sredstva u okviru IPA programa- komponenta II. A (projekti prekogranične suradnje sa zemljama članicama i projekti transnacionalne suradnje u okviru programa Mediteran i Programa Jugoistočna Europa) te Operativnog programa „Regionalna konkurentnost“- Prioritetna os : 1. Razvoj i unaprjeđenje regionalne infrasturkture i jačanje atraktivnosti regija ( dalje u tekstu: Operativni program „Regionalna konkuretnost“, Prioritetna os 1), au cilju povećanja apsorbcije sredstava koja su na raspolaganju Republici Hrvatskoj u pretpristupnom razdoblju (IPA program- komponenta II: A) odnosno po ulasku u EU (Operativni program „Regionalna konkurentnost“). Sredstva Ministarstva u okviru ovog potprograma se dodjeljuju za nacionalni dio sufinanciranja provedbe projekata.
Pomoću sufinanciranju provedbe projekta u okviru IPA programa- komponeta II: A mogu biti korsinici koji su sklopili ugovor o dodjeli bespovratnih sredstava / ugovor o potpori te su započeli s provedbom projekta tijekom koje su, ne svojom krivnjom, suočeni s problemima u osiguravanju sredstava koje su dužni osigurati iz vlastitih izvora (nacionalno sufinanciranje).
U okviru Operativnog programa „ Regionalna konkurentnost“, Prioritetna os 1, Ministarstvo osigurava udjel u sufinanciranju provedbe projekta svim prijaviteljima projekata odabranim po ograničenom pozivu za dodjelu bespovratnih sredstava za projekte javne infrastrukture temljem kriterija odabira koje je prethodno dobrio Odbor za praćenje Operativnog programa „regionalna konkurentnost“.