Cilj potprograma „Priprema lokalnih projekata na potpomognutim područjima“ je pridonijeti bržem društveno-gospodarskom razvoju najslabije razvijenih područja Republike Hrvatske pružanjem financijske pomoći u izradi projektne dokumentacije za lokalne razvojne projekte utemeljene na strateškim razvojnim dokumentima, a prihvatljive za financiranje iz EU fondova. Pomoć je namijenjena razvojnim projektima na potpomognutim područjima (jedinice lokalne samouprave iz I. i II. skupine prema indeksu razvijenosti). Potprogram se provodi u suradnji s regionalnim razvojnim agencijama koje provode postupak objave poziva za iskaz interesa na svojim web stranicama, administrativne provjere i evaluacije te prihvatljive projekte predlažu Županijskom partnerskom vijeću koje ih potvrđuje, te dostavlja Ministarstvu koje nakon analize dostavljenih projektnih prijedloga, donosi konačnu Odluku o odabiru.