Organigram

 
1. Kabinet ministra
2. Glavno tajništvo
3. Uprava za financije i informacijsko-telekomunikacijske sustave
4. Uprava za strateško planiranje i koordinaciju fondova EU
5. Uprava za provedbu operativnih programa i financijskih instrumenata
6. Uprava za regionalni razvoj
7. Uprava za europsku teritorijalnu suradnju
8. Uprava za otoke
9. Uprava za potpomognuta područja
10. Samostalna služba za unutarnju reviziju