Prekogranična suradnja sastavni je dio regionalne/kohezijske politike Europske Unije. Regionalna politika EU osmišljena je kako bi se unaprijedila ekonomska i socijalna kohezija i smanjile razlike u stupnju razvoja različitih europskih regija. U tom smislu, EU strukturnim i pretpristupnim fondovima pomaže i prekograničnu suradnju kako na svojem teritoriju tako i među zemljama kandidatkinjama.
Nakon ulaska u Europsku Uniju Republici Hrvatskoj postali su dostupni strukturni fondovi kao pomoć u ostvarenju gospodarske, socijalne i teritorijalne kohezije. Za proračunsko razdoblje od 2007.-2013. godine financiranje kohezijske politike strukturirano je na osnovi tri opća strateška cilja temeljena na Lisabonskoj strategiji i Goeteborškim ciljevima, također poznatima i kao 3K ciljevi:
Cilj 3 – teritorijalna suradnja usmjerena je na jačanje suradnje na prekograničnoj, međunacionalnoj i međuregionalnoj razini te zagovara zajednička rješenja u području urbanog, ruralnog i obalnog razvoja, razvoja gospodarskih odnosa te jačanja malog i srednjeg poduzetništva. Cilj 3 temeljen je na iskustvu prikupljenom kroz prethodnu inicijativu Zajednice INTERREG.
Strukturni fondovi stvoreni su kako bi se pomoglo onim regijama Europske Unije koje zaostaju u razvoju, a osnovni cilj je umanjiti razlike među regijama i stvoriti bolju gospodarsku i društvenu ravnotežu među zemljama članicama. U okviru postojeće financijske perspektive 2007.-2013. strukturni instrumenti su: Europski fond za regionalni razvoj (EFRR), Europski socijalni fond (ESF) i Kohezijski fond. Cilj 3 financira se iz EFRR-a.
Kohezijska politika Europske Unije predstavlja oko trećinu ukupnih proračunskih izdataka EU (35,7%) te je tako druga po veličini proračunska stavka za razdoblje 2007.-2013.,a vrijedna ukupno 347,41 milijardu eura. Za cilj 3 – teritorijalna suradnja predviđeno je oko 13 milijardi eura, što je 2.52% vrijednosti Europskog fonda za regionalni razvoj u razdoblju 2007.- 2013.
Trenutno se u sklopu cilja 3 – teritorijalna suradnja financira ukupno 52 programa prekogranične suradnje, 13 transnacionalnih programa, 1 međuregionalni program (INTERREG IV C) i 3 programa za umrežavanje (Urbact II, Interact II i ESPON).
Prekogranična i transnacionalna suradnja u Europskoj uniji započela je kao izdvojena inicijativa Zajednice financirana iz Europskog fonda za regionalni razvoj godine 1990. Od tada do danas dobiva na važnosti i financijskom udjelu u Europskom fondu za regionalni razvoj, a financirana je kroz različite faze Interrega, sve do sadašnje financijske perspektive (2007-2013) kad postaje jednim od triju osnovnih ciljeva kohezijske politike EU.
1990. – 1994.
Interreg I - nastala kako bi se pogranična područja pripremila za EU bez granica
1990. – 1994.
Regen Inicijativa – nastala kako bi se popunili nedostaci u transnacionalnim europskim prometnim i energetskim mrežama
1994. – 1999.
Interreg II - kombinirala je funkcije Interrega I i Regen Inicijative
Tri linije:
2000. – 2006.
Interreg III – s ciljem jačanja gospodarske i socijalne kohezije u EU promicanjem ujednačenog razvoja čitave Europe kroz prekograničnu, transnacionalnu i međuregionalnu suradnju, posebni naglasak davala je na suradnju na vanjskim granciama EU sa zemljama kandidatkinjama.
Tri vrste suradnje u okviru programa Interreg III :