Strategija regionalnoga razvoja Republike Hrvatske za razdoblje do 2011. do 2013. godine, smješta aktivnosti prekogranične suradnje u kontekst regionalnoga razvoja. Hrvatska je zbog svoga zemljopisnoga položaja i oblika gotovo cijelim svojim teritorijem prihvatljiva za sudjelovanje u prekograničnim programima s regijama susjednih država financiranim iz fondova Europske unije. Od 21 hrvatske županije, koje ujedno predstavljaju ekvivalent za NUTS III razinu statističkih regija EU, njih 18 prihvatljivo je za sudjelovanje u programima prekogranične suradnje, jer izravno graniče sa susjednim državama. Preostale županije koje nemaju fizičke granice s regijama susjednih država uključene su u jedan ili više prekograničnih programa suradnje (kao pridružene županije) i dva transnacionalna programa suradnje.
Zajednički cilj aktivnosti prekogranične suradnje u svijetlu regionalnoga razvoja jest pružanje pomoći pograničnim i perifernim regijama u intenziviranju njihovih vlastitih resursa putem provedbe zajedničkih razvojnih projekata s predstavnicima regija susjednih država financiranih iz EU fondova.
Ministarstvo regionalnoga razvoja i fondova Europske unije (MRRFEU), kao nacionalni koordinator aktivnosti prekogranične suradnje, sudjeluje u izradi i provedbi 6 prekograničnih programa u okviru Instrumenta za pretpristupnu pomoć EU (IPA): 3 s državama članicama EU - Slovenijom, Mađarskom i Italijom (Jadranska prekogranična suradnja) te 3 s državama potencijalnim kandidatkinjama/kandidatkinjama za članstvo u EU - BiH, Crnom Gorom i Srbijom. Hrvatska također sudjeluje i u 2 ERDF programa transnacionalne suradnje – Jugoistočna Europa (SEE) i program Mediteran (MED).
U kontekstu pripreme za postojeće i nadolazeće fondove EU, MRRFEU organizira informativno-edukacijske radionice prema posebnim programima s ciljem obrazovanja lokalne i regionalne razine o pripremi i provedbi projekata prekogranične suradnje.
Dodatnu podršku u radu MRRFEU-a na području provedbe prekograničnih programa te korisnicima projekata daju tzv. zajednička tijela suradnje kao što su Zajednička tehnička tajništva te pripadajuće informativne točke i tzv. antene-predstavništva, u kojima su zaposleni i hrvatski državljani.
Republika Hrvatska u okviru IPA komponente II sudjeluje u 3 programa prekogranične suradnje sa zemljama članicama EU:
i 3 prekogranična programa sa zemljama nečlanicama:
Osim toga, Republika Hrvatska sudjeluje i u 2 transnacionalna programa:
Svaki program prekogranične suradnje ima svoj Operativni program, višegodišnji osnovni programski dokument sukladno kojem se provode IPA programi prekogranične suradnje.