Osnovni prioriteti IPA komponente II su:
RH u okviru IPA Prekogranične suradnje ima programe suradnje sa svim susjednim zemljama, po prvi put prenoseći svoja iskustva suradnje sa zemljama članicama EU na suradnju sa zemljama koje su tek potencijalne kandidatkinje za članstvo u EU. RH tako sudjeluje u 3 prekogranična programa sa zemljama članicama EU i 3 prekogranična programa sa zemljama nečlanicama. Osim toga, RH sudjeluje i u 2 transnacionalna programa.
Svaki program prekogranične suradnje ima svoj Operativni program, višegodišnji osnovni programski dokument, kojim se provode IPA programi prekogranične suradnje. Četiri osnovne cjeline u svakom Operativnom programu:
Specifičnost prekogranične suradnje je da predlagatelji projekta moraju biti neprofitne pravne osobe i moraju pripadati sljedećim kategorijama pravnih osoba:
Osim toga, prijavitelji projekta obavezni su sufinancirati projekt vlastitim sredstvima (15% potrebno osigurati u vlastitom proračunu) te imati barem jednog prekograničnog partnera. Prekogranični karakter projekta mora biti jasno vidljiv te se mora provoditi i imati pozitivan utjecaj s obje strane granice.
U cilju uspostave nacionalnih struktura za upravljanje programom IPA i njenim pojedinim komponentama Vlada Republike Hrvatske donijela je Uredbu o opsegu i sadržaju odgovornosti te ovlastima tijela nadležnih za upravljanje Instrumentom pretpristupne pomoći (NN 18/07).
Za upravljanje drugom komponentom programa IPA - prekogranična suradnja određeno je Ministarstvo regionalnoga razvoja i fondova Europske unije. Prekogranična suradnja odvija se prema decentraliziranom modelu provedbe što podrazumijeva da je za financijsko upravljanje nadležna Agencija za regionalni razvoj kao tijelo odgovorno za ugovaranje i implementaciju projekata, te zajedno sa Ministarstvom regionalnoga razvoja i fondova Europske unije čini Operativnu strukturu.
Na zahtjev Europske komisije, Uredbom o osnivanju Agencije za regionalni razvoj Republike Hrvatske (NN 155/08) 24. prosinca 2008. godine, osnovana je Agencija za regionalni razvoj (ARR) kao bitni čimbenik provedbe dijela regionalne razvojne politike Republike Hrvatske iz nadležnosti Ministarstva regionalnoga razvoja i fondova Europske unije. Odlukom Europske komisije C(2010)5665, od 18. kolovoza 2010. godine, ARR je preuzela ulogu provedbenog tijela za IIb komponentu programa IPA od Središnje agencije za financiranje i ugovaranje. Agencija za regionalni razvoj zadužena je za ugovaranje i provedbu 3 programa prekogranične suradnje sa zemljama nečlanicama Hrvatska – Bosna i Hercegovina, Hrvatska – Crna Gora, Hrvatska – Srbija i dva transnacionalna programa Jugoistočna Europa (SEE) i program Mediteran (MED).