Za praćenje provedbe II. komponente programa IPA – prekogranična suradnja, nadležna su tri zajednička nadzorna odbora (Joint Monitoring Committee – JMC) koji prate programe prekogranične suradnje sa zemljama članicama (Mađarska, Italija i Slovenija) i tri nadzorna odbora (JMC) koji prate svaki od programa prekogranične suradnje s ostalim zemljama korisnicama programa IPA (Bosna i Hercegovina, Srbija, Crna Gora). Također, posebni nadzorni odbori prate provedbu tzv. transnacionalnih programa kao što su:
- Transnacionalni program Jugoistočna Europa (SEE)
- Transnacionalni program Mediteran
Ministarstvo regionalnoga razvoja i fondova EU zaduženo je za koordinaciju dostave godišnjih izvješća za tri prekogranična programa s državama ne-članicama EU (državama korisnicama programa IPA) do 30. lipnja i to prvi put u drugoj godini nakon odobrenja odnosno usvajanja programa.
