Zajedno s partnerima iz Europske unije - Litvom i Mađarskom, Hrvatska je u rujnu 2011. godine započela s provedbom Twinning projekta „Jačanje kapaciteta za učinkovito upravljanje sredstvima kohezijske politike EU“.
Twinning projekt provodio se tijekom 27 mjeseci, od rujna 2011. godine do studenog 2013. godine. Proračun projekta iznosio je 2 milijuna eura, od čega se 95 % sredstava osiguralo iz Instrumenta pretpristupne pomoći (IPA-e), a 5 % sredstava osiguralo se kroz nacionalno sufinanciranje.
Cilj ovog projekta bio je pridonijeti učinkovitoj provedbi i upravljanju fondovima kohezijske politike EU u Hrvatskoj, u skladu sa zahtjevima EU. Projekt je bio usmjeren na jačanje kapaciteta za koordinaciju provedbe strukturnih fondova i Kohezijskog fonda (SCF) u Hrvatskoj, tehnički ispravno i učinkovito financijsko upravljanje sredstvima te sustavno praćenje SCF programa. Tijekom misija stručnjaka na projektu utrošeno je 1296 radnih dana, projektni tim sastojao se od 52 kratkoročna stručnjaka, te dva mjesna twinning savjetnika iz Litve i Mađarske i njihovih hrvatskih kolega koji su zajedno radili u Zagrebu u cilju učinkovitog upravljanja SCF programima.
Projekt su provodili Ministarstvo regionalnoga razvoja i fondova EU i Ministarstvo financija Republike Hrvatske, u suradnji s partnerima iz Litve i Mađarske – Ministarstvom financija i Središnjom agencijom za upravljanje projektima Republike Litve i Nacionalnom agencijom za razvoj Republike Mađarske. Postignuti su mnogi značajni rezultati te je tijekom zajedničkog rada s partnerima iz država članica Republike Litve i Republike Mađarske, Hrvatska uspjela stvoriti pravni i institucionalni temelj za upravljanje fondovima kohezijske politike EU.
Projekt je pružio podršku hrvatskim institucijama u provedbi navedenih zadaća kroz jačanje kapaciteta nacionalnih institucija koje su određene za koordinaciju strukturnih fondova i Kohezijskog fonda, te onih institucija koje će biti odgovorne za upravljanje pojedinim strateškim sektorima. To uključuje Ministarstvo regionalnoga razvoja i fondova Europske unije te Ministarstvo financija (kao dva glavna partnera s hrvatske strane) kao i brojna resorna ministarstva i agencije kojima je dodijeljena priprema i provedba sektorskih programa.